Iszlám előtt
A mai Marokkó területe a neolitikum óta lakott. Akkoriban a vidék kevésbé volt száraz, mint manapság. Elterjedt elmélet szerint az amazigh nép (akiket szokás berbernek nevezni) érkeztével terjedt el a földművelés a régióban. Az ókorban a mai Marokkót Mauretania néven említették, ami nem keverendő össze a mai Mauritánia országgal.

A legnyugatibb arab ország, Marokkó története a közel ezer esztendős föníciai hódítással kezdődött. Az i. e. 12. században létesültek a nagy tengerparti városok (Tanger, Szalá, Casablanca). A föníciai fennhatóságnak a római légiók érkezése vetett véget, akik az i. sz. 42-ben a tengerparttól távol eső, belső területeket is meghódították. A vandálok uralma (429 – 534 után a terület a 6. században a Bizánci Birodalom része lett.

Középkori dinasztiák
A 7. században zajlott az iszlám gyors terjeszkedése. Észak-Afrika parti síkságát 670-ben érték el az első iszlám hódítók Uqba ibn Nafi parancsnoksága alatt. Ő a damaszkuszi Omajjád kalifák szolgálatában állt. Követeket küldött a mai Marokkó területére 683-ban. Ezek a követek támogatták a berberek asszimilációját, ami nagyjából egy évszázad alatt lezajlott. A berberek kis államokat, királyságokat alapítottak. Hosszú háborúskodás után Idrisz ibn Abdallah megalapította az arab idriszida dinasztiát és az ország lerázta magáról a távoli bagdadi abbaszida kalifák és az Andalúziában uralkodó Omajjád kalifák fennhatóságát. Az idriszidák fővárosa Fez volt, Marokkó kulturális központtá vált és jelentős regionális hatalommá.

Az idriszidák 11. századi bukása után az arab telepesek elvesztették politikai hatalmukat Marokkó térségében. Berber dinasztiák uralkodtak országszerte. Az almoravidák, az almohádok, a marinidák, végül a szaadita dinasztia uralma alatt Marokkó hatalmában volt Északnyugat-Afrika legnagyobb része, valamint az iszlám Hispania, más néven Andalúzia.

A 15. században kezdődött a spanyol és portugál hódítás, tengerparti településeket foglaltak el.

A szaaditák után az arab alavita dinasztia kezébe került fokozatosan a hatalom. Marokkónak szembe kellett néznie Spanyolország és a nyugat felé terjeszkedő Török Birodalom hódító törekvéseivel. Az alaviták sikeresen stabilizálták helyzetüket. Királyságuk kisebb volt elődeinél, de megőrizték gazdagságukat. 1684-ben visszafoglalták Tangert.

Marokkó volt az első ország, amely elismerte az Amerikai Egyesült Államok függetlenségét 1777-ben. Az amerikai függetlenségi háború kezdetén az Atlanti-óceánon vitorlázó amerikai kereskedelmi hajók a barbár kalózok célpontjává váltak. Az amerikai követek ez ellen védelmet kértek az európai hatalmaktól, de nem kaptak. 1777. december 20-án III. Mohammed marokkói szultán rendelettel vette védelmébe az amerikai hajókat és garantálta biztonságos útjukat.

A marokkói-amerikai barátsági szerződés jelenleg az Amerikai Egyesült Államok legrégebbi ilyen jellegű, megszakítás nélkül érvényben lévő szerződése. John Adams és Thomas Jefferson írta alá és 1786 óta egyfolytában hatályban van. Amikor az 1787-es alkotmány nyomán átszervezték az amerikai szövetségi kormányt, George Washington elnök levelet írt Szidi Mohamed szultánnak, ebben megerősítette a két ország kapcsolatait. Az Amerikai Egyesült Államok tangeri konzulátusa volt az amerikai kormány első külföldi tulajdona. Az épület jelenleg múzeum.

Gyarmatosítás
A napóleoni háborúk után az isztambuli török kormány egyre kevésbé volt képes kormányozni Egyiptomot és Észak-Afrikát. A helyi bejek kalózkodásba kezdtek, az iparosodó európai hatalmak gyarmatosítási kísérletei egyre fenyegetőbbek lettek. A Maghreb biztos gazdagsága vonzóbb volt, mint Afrika ismeretlen vidékei, és egyébként is stratégiai jelentősége volt a Földközi-tenger nyugati kijáratának. Franciaország már az 1830-as évek elejétől erős érdeklődést mutatott. 1904-ben Franciaország és Nagy-Britannia megállapodott a befolyási övezetek felosztásáról Marokkóban. A német válasz válságot okozott 1905-ben. Ezt az 1906-ban Spanyolországban, Algecirasban tartott konferencián oldották meg, ahol elismerték Franciaország különös érdekeit és előírták, hogy Franciaország és Spanyolország közösen lépjen fel Marokkóban. A második marokkói válságot a németek provokálták ki és növelte az európai hatalmak közötti feszültséget. Az 1912. március 30-án aláírt fezi szerződésben Marokkó Franciaország védnöksége lett. Egy hasonló szerződésben november 27-én Spanyolország lett Marokkó északi részének és déli szaharai övezetének védnöke. Tanger nemzetközi terület lett.

Az I. és a II. világháborúban is szolgáltak marokkói katonák (goumieres) a francia hadseregben. Voltak marokkói katonái a spanyol polgárháború idején a francoista hadseregnek is.

A francia részen 1926-ban kitört rif lázadást Pétain verte le.

A nacionalista politikai pártok a II. világháború után emelkedtek fel a francia védnökségekben. Marokkó függetlensége melletti érvelésüket az Atlanti Chartára alapozták. Ez egy közös amerikai-brit nyilatkozat volt, amely egyebek mellett elismerte a népek jogát, hogy megválasszák kormányukat. Az Isztiklal (Függetlenségi) Párt 1944-es kiáltványa a legkorábbi, nyilvános függetlenségi igény. Ez a párt nevelte ki fokozatosan a nacionalista mozgalom legtöbb vezetőjét. A franciák 1953-ban Madagaszkár szigetére száműzték V. Mohammed szultánt. Utódja a népszerűtlen Mohammed ben Aarafa lett, akinek uralmát alattvalói illegitimnek tekintették. A francia védnökséggel szemben aktív ellenállás bontakozott ki az ország minden vidékén. A legnevezetesebb Oujda esete, ahol a marokkóiak az utcán támadták meg a franciákat és más európaiakat. 1955. október 1-jén indultak meg az újonnan felállított "jais al-tahrir" (Felszabadítási Hadsereg) hadműveletei. Ez felállította Kairóban a "Comité de Libération du Maghreb Arabe" (Az Arab Maghreb Felszabadító Bizottsága) nevezetű szervezetet. Egyiptom részt vett a megszállás elleni mozgalomban. A Bizottság célja V. Mohammed király hazatérésének kikényszerítése volt, Algéria és Tunézia felszabadításával együtt. 1955-ben a franciák beleegyeztek V. Mohammed visszatérésébe és a következő év elején tárgyalások kezdődtek a marokkói függetlenségről.

Függetlenség
1956. március 2-án Franciaország megállapodott a marokkói szultánnal a függetlenségről, majd április 7-én a spanyolok is lemondtak a védnökségről. Marokkó 1969 júniusában II. Hasszán alatt egységes független királysággá alakult az északi spanyol, a déli francia és Tanger nemzetközi fennhatóság alatt álló területek egyesítésével.

1975 óta megszállás alatt tartja a korábbi spanyol gyarmatot, Nyugat-Szaharát. 1984-ben kilépett az Afrikai Egységszervezetből (ma Afrikai Unió). Az 1990-es években végrehajtott politikai reformok nyomán 1997-ben kétkamarás parlamentet állítottak fel. Marokkó nem tagja a NATO-nak, de 2004. júniusában szövetségese lett az Amerikai Egyesült Államoknak. Ugyanakkor szabadkereskedelmi megállapodást írt alá az Egyesült Államokkal és az Európai Unióval.