Felszínét a fiatal Eurázsiai-hegységrendszerhez tartozó Atlasz vonulatai hálózzák be. Északon a Rif-hegység előterében termékeny parti síkság húzódik. A Rif-hegység dél felé a Szebu-medencére tekint. A 600–1300 m magas Marokkói-Mezetát keletről a Középső-, az ország legmagasabb csúcsát hordozó Magas- és az Antiatlasz vonulatai határolják. Hegyvonulatok dél-délkelet felé a Szahara felé lejtenek. Az ország legmagasabb hegye a Toubkal-hegy (4165 m).

Vízrajz
A Földközi-tenger partján több öböl és fok található, míg az atlanti part kevésbé tagolt. Marokkótól északra húzódik a Gibraltári-szoros. Ennek forgalmát elvileg Marokkóból is lehet ellenőrizni, így e hely stratégiailag ma is jelentős.

A legjelentősebb folyók: Moulouya, Sebou, Rbia.

Éghajlat
A tengerpart mediterrán éghajlatú. Az ország belseje felé haladva az éghajlat egyre szárazabb és szélsőségesebb. A Szahara éghajlata pedig sivatagi.

Élővilág, természetvédelem
Marokkó élővilága változatos, különösen madárvilága nevezetes.

Nemzeti parkjai
Arganeraie Bioszféra Rezervátum - Az argan-fa csak Marokkóban él, de ott egyes vidékeken egész erdőt alkot. Ahol él, ott a helyi lakosság életében nagy szerepet tölt be. Terméséből sajtolt olaj a kozmetikai iparnak is alapanyaga. A bioszféra rezervátum így nem csak érintetlen területekre, hanem hagyományos életmódot folytató emberi településekre is kiterjed. A bioszféra rezervátumnak része
Sous Massa Nemzeti Park az Atlanti-óceán partvidékén.

További nemzeti parkok:
Tazekka Nemzeti Park az Atlasz-hegység közepén;
Toubkal Nemzeti Park Marrakech közelében hagyományos életmódot folytató falvakkal;
Talassemtane Nemzeti Park a Rif-hegységben;
El Houceima Nemzeti Park a Földközi-tenger partján;
Ifrane Nemzeti Park cédruserdő az Atlasz-hegységben.