A Karisimbi, Bisoke és Mikeno vulkánok által határolt területet 1925-ben nyilvánították védett parkká, a park létrehozásának célja a gorilláknak az orvvadászoktól való védelme volt. A park az afrikai kontinensen létrehozott legelső nemzeti park volt. Ezt követően, 1929-ben a park határait kiterjesztették Ruanda és a Belga Kongó  irányába; a megnövelt területű, 8090 km²-es park neve Albert Nemzeti Park lett, irányítása a belga gyarmati hatóságok feladata volt.

Miután Kongó 1960-ban kivívta függetlenségét, a parkot kettéosztották. Ruanda függetlenségének 1962-ben történt elnyerése után az új kormány úgy döntött, hogy a parkot természetvédelmi területként meghagyják, annak ellenére, hogy az újonnan alakult köztársaság súlyos túlnépesedési gondokkal küszködött.

A későbbiek során a parkba helyezte kutatásai központját az ismert amerikai természettudós, zoológus Dian Fossey, aki csaknam két évtizeden át folytatta itt a hegyi gorillák tanulmányozását. 1967-ben érkezett a parkba, és a Karisimbi és Bisoke vulkánok között létrehozta a Karisoke Kutatóközpontot. Ettől kezdve életének nagy részét a parkban töltötte, javára írják, hogy azáltal, hogy a hegyi gorillák veszélyeztetett helyzetét a nemzetközi közvélemény elé tárta, megmentette a fajt a kihalástól. A kutatóközpontban álló faházában ismeretlen tettes ölte meg 1985-ben, a gyilkosságot azoknak az orvvadászoknak tulajdonítják, akik ellen egész életében harcolt. Fossey életét az életrajzi könyve alapján készül Gorillák a ködben című filmből ismerte meg a világ. A park területén, a kutatóközpont mellett temették el, kedvenc gorilláinak sírhelye mellett.

A ruandai polgárháború során a Vulkán Nemzeti Park súlyos harcok helyszíne volt; 1992-ben a park központját is megtámadták. Ekkor a kutatóközpontot kiürítették és elhagyták, mindennemű turistalátogatásnak véget vetettek. A turizmus csak 1999-ben indult újra, amikor a területet ismét biztonságosnak nyilvánították. Az ezt követő évek során a Demokratikus Erők Ruanda Felszabadításáért (DFLR) lázadó szervezet tagjai ugyan időről-időre beszivárognak a park területére, de a ruandai hadsereg hamar megállítja ezeket a felkelőket, és úgy vélik a turizmust nem fenyegeti veszély.