Az első emberek, akik Comore-szigeteken éltek, valószínűleg polinéziai és melanéziai eredetűek voltak, őket malájok követték. A letelepedés nem régebbi az 6. századnál. Szuahéli telepesek a szigeteket a nagy bantu vándorlás idején érték el 1000 körül.

Portugál felfedezők 1505-ben látogatták meg a szigeteket.

A 16. században arab és perzsa kereskedők érkeztek a szigetekre. Ők afrikaiakat hoztak az ültetvényekre munkásoknak. Később portugál, holland, majd francia kereskedők érkeztek ide, azonban a 19. század közepéig az arab-iszlám hatás jelentős volt.

A 19. század elején a francia és angol érdekszférába tartozott. A francia gyarmatosítás 1841-ben kezdődött Mayotte sziget francia birtokba vételével és 1909-ben fejeződött be, amikor Anjouan szigetének szultánja lemondott, és Mohéli szigetének királynője (szultánája), Szalima Masamba szintén elvesztette a trónját, így ezek a szigetek is francia uralom alá kerültek, de hivatalosan 1912-ben lett francia gyarmat a szigetcsoport.

A második világháború alatt a Vichy-Franciaország része volt, majd a britek megszállták a gyarmatot. 1956-ban Franciaország autonómiát adott a szigeteknek.

A Comore-szigetek a Szuezi-csatorna megnyitásáig a Távol-Keletre és Indiába tartó hajóút fontos állomása volt. Akkor viszont hajóforgalma jelentősen csökkent. Kezdetben az egyetlen exportálható termék a kókuszdió volt. Francia telepesek, francia vállalkozások és gazdag arab kereskedők létesítettek exportorientált ültetvényeket, amelyek elfoglalták a termőföld egyharmadát. Mayotte megszerzése után a franciák a szigetet cukortermelő gyarmattá alakították. A többi sziget gazdasága is átalakult, megkezdték az ylang-ylang, a vanília, a kávé, a kakaó és a szizál termesztését.

A szigetcsoport a francia védnökség évei után 1975. július 6-án Mayotte sziget kivételével elszakadt Franciaország-tól. 1999-től katonai uralom következett, elsősorban az Anjouan és Mohéli szigeteken található szeparatista törekvéseinek megakadályozására. 2001-ben kihirdették az új alkotmányt, a választásokat pedig 2002-ben tartották. 2006-ban volt az első békés és demokratikus hatalomváltás a szigetek történetében, rengeteg katonai puccs és Bob Denard francia kalandor akciói után.